Nicolas joue son 1er match avec le maillot des Bleus le 22 avril 1998, contre la Suède, quelques semaines seulement avant le Mondial. Il est sélectionné parmi les 28 pour disputer la Coupe du Monde, mais Aimé Jacquet ne le retient pas dans le groupe final des 22.
Pourtant, le 10 octobre suivant, il marque son 1er but en Bleu.
Voici un petit résumé du parcours d’Anelka en équipe de France :
Saison 1997/1998 : 1 match, 68 min de jeu
Saison 1998/1999 : 8 matches, 3 buts, 598 min de jeu
Saison 1999/2000 : 8 matches, 1 but, 381 min de jeu
Saison 2000/2001 : 9 matches, 2 but, 587 min de jeu
Saison 2001/2002 : 2 matches, 108 min de jeu
Mais c'est avec le nouveau sélectionneur, Roger Lemerre, que la rupture se crée. Il dit de lui : « Le premier problème de Nicolas, c'est qu'il n'aime pas vraiment le football. Son second problème, ce sont ses frères, qui s'occupent de ses affaires. Eux non plus n'aiment pas vraiment le jeu. Tant qu'il ne sera pas sorti de ces impasses, il ne pourra pas devenir un grand joueur. »
La polémique ne s'arrête pas là et va encore plus loin. Avec Jacques Santini, c'est le clash. En novembre 2002, Le sélectionneur convoque Nicolas en équipe de France à l'occasion d'un match amical, suite aux blessures de plusieurs autres joueurs. Anelka refuse la convocation. Il affirme (selon certains médias) qu'on lui a manqué de respect et fait entendre qu'il n'a pas l'intention de jouer les « bouches-trous ». Réaction somme toute normale humainement et compréhensible dans la vie de tous les jours, mais le monde du football ne l'entend pas de cette oreille.
Comprenant que le scandale va trop loin « pour si peu », Nicolas présente, quelques mois avant l'Euro 2004, des excuses publiques à Jacques santini et à l'équipe de France, et réaffirme le plus grand respect qu'il a pour cette dernière. Un signe de maturité et de réflexion de la part du joueur, capable de laisser de côté son orgueil et son caractère bien trempé pour apaiser les esprits et lui permettre de continuer à jouer au football en toute sérennité.
Avec Raymond Domenech, le nouveau sélectionneur, le dialogue semble rouvert. Selon ce sernier, Nicolas est « en période d'observation ». « Nicolas a des capacités, on le sait, on le voit, on le suit. Mais je veux voir d'autres solutions. Personne n'est condamné ».
Néanmoins, Domenech ne retient pas Anelka pour le match contre la Pologne le 11 novembre dernier. Mais la voie équipe de France reste toute ouverte pour Nicolas, même s'il reconnaît ne pas en faire sa priorité : « J'ai raté deux coupes du monde. Je n'en suis pas mort ».